Weil Galaxien nicht isoliert im All herumfliegen. Sollte es Antimateriegalaxien geben, so müsste auch ein gewisser Anteil der kollidierenden oder kollidierten Galaxien eine Materie/Antimaterie Begegnung sein - und das sind sie sehr offensichtlich nicht, zumal alle größeren Galaxien etliche Kollisionen hinter sich haben. Nirgends sind entsprechende Zerstrahlungen zu beobachten.
Das derzeit favorisierte Standardmodell geht davon aus, das diese Zerstrahlung kurz nach dem Urknall stattgefunden hat und sie ist meines Wissens nicht nachweisbar. Ausgehend davon könnte in dem von Dir beschriebenen Szenario wohl auch keine Zerstrahlung nachgewiesen werden, die erst vor 1 Millionen Jahren, oder auch nur vor 1000 Jahren stattgefunden hat. Wie häufig Kollisionen von Antimaterie- und Materiegalaxien wären, wenn es sie gäbe, läßt sich nicht sagen. Aber mit fortschreitender Zeit würden sie ganz sicher immer seltener werden. Denn wenn man davon ausgeht, das Superhaufen die größten Strukturen darstellen, in denen sich die Teilchen nicht voneinander weg bewegen, dann könnte man weiterhin annehmen, das die Natur eines Superhaufens immer gleich ist, egal ob Antimaterie, oder Materie. 2 "benachbarte" Superhaufen könnten aber durchaus unterschiedlicher Natur sein. Intergalaktische Gas- und Staubteilchen darf man dabei sicher getrost vernachlässigen, denn die in gravitativer Grenznähe der beiden "unterschiedlichen" Superhaufen befindlichen Teilchen, dürften sich wohl bereits vor Milliarden Jahren gegenseitig zerstrahlt haben. Und die noch existierenden Teilchen nimmt die Raumausdehnung an die gebundenen Superhaufen mit, so das es zu keinen weiteren Kollisonen mehr kommen kann.
Ich hatte allerdings auch noch ein anderes Szenario in meiner Frage angedeutet. Hinter die Hintergrundstrahlung in 13,7Mrd LJ Entfernung kann niemand schauen. Also wissen wir auch nicht, ob dahinter Materie, oder Antimaterie existiert.
Meine persönlich favorisierte Theorie aktuell ist, dass Materie und Antimaterie absolut äquivalent sind wenn sie miteinander reagieren, aber mit einer anderen bislang unbekannten Teilchenart jeweils nicht - z.B. Dunkle Materie. Diese Annahme löst wohl viele Probleme, z.B. auch wieso die Menge Dunkler Materie in der Größenordnung normaler Materie vorliegt; üblicherweise unterscheiden sich die nativen Mengen verschiedener Kräfte und Teilchen um z.T. viele Größenordnungen, was auch wahrscheinlicher ist.
Wissenschaftlich ist das aber schwierig: ein unbekanntes Phänomen mit einem hypothetischen Teilchen zu erklären ist nicht gerade elegant, weil man es so nicht nachweisen kann.
Deine Theorie klingt interessant, aber solange es keinen Nachweis für "dunkle Materie" oder "dunkle Energie" kann man alle möglichen Theorien aufstellen. Als Gedankenexperiment könnte ich genausogut auch annehmen, das die Dunkle Energie zum Beispiel das Zerstrahlungsprodukt aus Materie und Antimaterie darstellt und die dunkle Materie eventuell das gleiche darstellt, sich allerdings in der Nähe von Masseansammlungen umgekehrt verhält. Klingt nach Unfug? Ist es wahrscheinlich auch, aber es kann auch niemand das Gegenteil beweisen. Es ist auch keine fundierte Theorie, eben nur ein Gedanke, der mir gekommen so ist.