Ich meinte das so: Natürlich kann man Asteroiden aushöhlen, um mit ihnen zwischen den Sternen hin und her zu fliegen. Aber das hätte zur Folge, dass die Oberfläche wohl kaum "natürlich" aussehen würde. Zunächst einmal hätte das Ding ja einen Antrieb, und dessen Reaktionsmasse muss irgendwo raus. Da dies zudem Energie erfordert, muss irgendwo Wärme abgestrahlt werden, wir brauchen also Radiatoren, je schneller das Asteroiden-Raumschiff fliegen kann, desto mehr. Dann bewegt es sich ja vermutlich mit relativistischer Geschwindigkeit, was Spuren auf der Oberfläche hinterlassen würde (die "Frontseite" wäre wohl verglast von all den Mikroeinschlägen). Es gäbe Ausgänge/Eingänge, die offen liegen würden. Man würde darauf hinarbeiten, das Raumschiff an der Oberfläche gleichmässig mit Regolith zu bedecken, damit die Strahlungsabschirmung überall einigermassen gleich ist, und damit vermutlich die tieferen Krater einebnen. Und so weiter.
Dass die Aussenseite völlig "natürlich" aussieht (unberührter Regolith, viele Krater, keine Anzeichen technischer Geräte oder interstellaren Fluges, etc) liesse dann nur einen Schluss zu: man wollte die wahre Natur des Himmelskörpers verschleiern. Das ist nur nötig, wenn man weiss, dass da auf dem dritten Planeten jemand ist, der sich dafür interessieren könnte - das heisst, das Raumschiff müsste auch vor relativ kurzer Zeit hier angekommen sein.
Was man aber auch bedenken muss: die Unversehrtheit bzw "Natürlichkeit" der Oberfläche kann man nur aus der Nähe beurteilen. Wäre der Mond tatsächlich hohl, kann man das auch aus der Ferne beurteilen (wie das 50er Jahre-Beispiel zeigt). Das heisst, die Tarnung als natürlicher Körper wäre völlig sinnlos, weil sie zwar auf die Nähe, aber nicht auf die Ferne wirken würde - jedem halbwegs intelligenten, interstellare Raumschiffe bauenden Alien muss es aber klar sein, dass wir diesen Mond zuerst aus der Ferne, dann erst aus der Nähe beobachten werden. Die Entdeckbarkeit der Hohlkörperform (wie man zuerst meinte) würde also darauf hindeuten, dass die Aliens ihr Raumschiffes nicht verschleiern wollen (sonst würden sie z.B. die langsame Abbremsung kompensieren). Man würde aus dieser Beobachtung ein nicht besonders getarntes Raumschiff erwarten. So lange es keine Nahaufnahmen von Phobos gab (also in den angesprochenen 50er und 60er Jahren) war die Raumschiffnatur von Phobos angesichts der zur Verfügung stehenden Daten eine valide Hypothese. Da wir heute Bilder von der Oberfläche von Phobos haben und diese ein natürliches Objekt zeigen, können wir praktisch ausschliessen, dass es sich um ein Raumschiff handelt (ganz abgesehen davon, dass der raumschiffartige Hohlkörper aufgrund heutigen Wissens gar nicht mehr möglich ist).